Προπονητές που θήτευσαν όλο το διάστημα αυτό στην ομάδα ήταν ο Μποσίνης Γιώργος, Γιαννακόπουλος Γιάννης, Πιτυχούτης Ζαχαρίας, Πιπιλικάκης Κυριάκος και ο παλαιός ομοσπονδιακός προπονητής Ντάν Γεωργιάδης.
Το 1992 Πρόεδρος της ομάδας αναλαμβάνει ο Φάνης Παπακώστας και οδηγεί την ομάδα για πρώτη φορά στη νέα περίοδο στην Α΄ κατηγορία Αθήνας μετά από αγώνα μπαράζ με την Δάφνη Αθηνών, την Δόξα Αγίας Άννας και τον Πανερυθραϊκό.
Η άνοδος είχε τεράστια σημασία για την Σύλλογο γιατί επετεύχθη με παίκτες από τις Ακαδημίες και την περιοχή του Αλίμου, όπως ο Μιχαλάς, ο Πράττης, ο Γιαννόπουλος, ο Κυριακόπουλος, ο Γιακουμάτος και ο Χρήστος Τσιούρης.
Η αποχώρηση όμως του Προέδρου Παπακώστα δύο χρόνια μετά άφησε πίσω της σημάδια. Χωρίς Ακαδημίες και με λίγους παίκτες στο ξεκίνημα, αναλαμβάνει Πρόεδρος ο Μάνθος Δεσύπρης και μαζί με τον Κώστα Αλάσα προσπαθούν να καταστήσουν ανταγωνιστικό ξανά τον Σύλλογο ξεκινώντας από την αρχή.
Για 6 περίπου χρόνια η ομάδα ανεβοκατεβαίνει στην Β΄ και Γ΄ κατηγορία παρά τις φιλότιμες προσπάθειες προπονητών όπως ο Χρήστος Γιωτάκης.
Μπαίνουμε στον νέο αιώνα και το 2001 μια νέα παρέα φίλων που αποτελείται από παλιούς παίκτες και παράγοντες αναλαμβάνουν τον σύλλογο που πλέον βρίσκεται και πάλι στην Γ΄ κατηγορία. Με έναν σοβαρό και φιλόδοξο προπονητή τον Κώστα Μιχάλη, μέσα σε δύο χρόνια καταφέρνουν να κερδίσουν δύο φορές την άνοδο και να παίξουν και πάλι στην Α΄ κατηγορία Αθήνας από όπου και δεν υποβιβάστηκε ποτέ έκτοτε η ομάδα μας.
Διοικητικοί αναμορφωτές της εποχής αυτής ήταν ο Γιάννης Μαυρίδης, ο Χρήστος Τσιούρης και ο Γιάννης Αρφάνης, μαζί με συμπαραστάτες δραστήριους ανθρώπους όπως ο Ξεπαπαδάκος, Δελεβάντε, Δεσύπρης και Κεφαλάς.
Όλο αυτό το διάστημα, παράλληλα με την ανάπτυξη της περιοχής, οι κάτοικοι του Δήμου μας αυξάνονταν αριθμητικά και εξελίσσονταν και προόδευαν κοινωνικά. Όλος αυτός ο δημιουργικός «ούρειος» άνεμος αυτά τα τελευταία χρόνια, συμπαρέσυρε θετικά την ομάδα της γειτονιάς των Τραχώνων.
Με δυνατούς και ευκατάστατους διοικητικούς ηγέτες όπως τον Γιάννη Μαυρίδη και τον Βασίλη Τσίλη, κατόρθωσε μέσα σε 4 σχεδόν χρόνια στη δεκαετία 2010 να επιτύχει ένα αδιανόητο και εξωπραγματικό, για έναν σύλλογο, επίτευγμα!
Την περίοδο 2010-2011 παίζει τον τελευταίο αγώνα του πρωταθλήματος Α΄ κατηγορίας και πετυχαίνει την άνοδο για πρώτη φορά σε Εθνική κατηγορία, την Δ΄ Εθνική! Αντίπαλος ο Ιάσωνας Λιοσίων. Τελικό αποτέλεσμα 3-1 (!!!) υπέρ του Α.Ο. Τραχώνων. Ιδιαίτερη μνεία στον Πρόεδρο Γιάννη Μαυρίδη, στον προπονητή Κώστα Μιχάλη και σε παίκτες όπως ο Νεντέλκοβιτς, Ντεντόπουλος, Χατζής, Κανελίνι, Στεφάνου, Καλιπολίτης.
Μία ανεπανάληπτη ομάδα, μία μεγάλη στιγμή στην ιστορία του Συλλόγου! Στην ίδια χρονιά πετυχαίνει Double, κερδίζοντας και το Υπερκύπελλο των Πρωταθλητών των δύο ομίλων της Α΄ κατηγορίας την περίοδο 2011-2012. Αν και πρωτάρα κατάφερε να μείνει στην Δ΄ Εθνική εκείνη την χρονιά.
Την επόμενη περίοδο 2012-2013 τερμάτισε βαθμολογικά πάνω από την μέση του πρωταθλήματος και με αναδιορθώσεις κατηγοριών ευνοήθηκε, λόγω της θέσης της, και βρέθηκε αυτόματα στην Γ΄ Εθνική.
Η τύχη είχε «γυρίσει» προς το μέρος πια αυτής της τόσο ταλαιπωρημένης κατά το παρελθόν ομάδας…
Και φτάνουμε στην μεγαλύτερη δόξα – μέχρι την επόμενη – ποδοσφαιρική περίοδο 2013-2014 όπου με πρόεδρο τον Βασίλη Τσίλη και προπονητή έναν νέο και πολύ ταλαντούχο προπονητή τον Ηλία Καλοπήτα, καταφέραμε να τερματίσει πρώτη και αήττητη στο δύσκολο πρωτάθλημα της Γ΄ Εθνικής και να ανέβει για πρώτη φορά στην ιστορία του FOOTBALL LEAGUE.
Η ομάδα, με παίκτες ηγέτες όπως τον Γούλα, τον Σαγανά, τον Καραμέρη και τον Σαπαλίδη, έγραψε με χρυσά γράμματα ιστορία με το απίστευτο κατόρθωμά της, κερδίζοντας στον τελευταίο αγώνα πρωταθλήματος μέσα στην Κρήτη τον Ατσαλένιο με 3-2, με ένα χρυσό γκολ του «μπόμπερ» Σαπαλίδη στο τελευταίο σχεδόν λεπτό των καθυστερήσεων του αγώνα!
Τι νίκη, τι θρίαμβος, τι απίστευτες στιγμές στην επιστροφή με το «Πλοίο της Χαράς» από το αξέχαστο Ηράκλειο… Και τι μαγική υποδοχή στην φιέστα θριάμβου στο γήπεδο των Τραχώνων όπου γιόρτασε όλος ο Άλιμος το ένδοξο καμάρι του!!!
Μοναδικό, μαγικό και αξεπέραστο κατόρθωμα! Λίγοι άνθρωποι, με πολύ κόπο, μεράκι, προσωπική δουλειά, σωστές επιλογές και πολλά χρήματα, που αγόγγυστα και με αγάπη βγήκαν από τις τσάντες δύο κορυφαίων Προέδρων του συλλόγου, έφτασαν αυτήν την ομάδα πολύ ψηλά!
Ο Άλιμος αυτομάτως έγινε γνωστός και αναγνωρίσιμος στα πέρατα της Ελληνικής Επικράτειας. Και αυτό χάρις στο ποδόσφαιρο που, όσο και αν στην Ελλάδα καθίσταται από τα «κακώς κείμενα» ανυπόληπτο, όταν το υπηρετείς σωστά και συνειδητά, σου ανταποδίδει στιγμές ανείπωτης ευτυχίας.
Η περίοδος 2014-2015 βρίσκει την ομάδα των Τραχώνων να φιγουράρει, σαν ΠΑΕ πλέον, στα δύσκολα και δύσβατα μονοπάτια της Β΄ Εθνικής κατηγορίας! Οι απαιτήσεις πολλές, οι δυσκολίες ανυπέρβλητες και τα «θολά νερά» της κατηγορίας αυτής ήταν για την ομάδα αχαρτογράφητα.
Είτε από άγνοια, είτε από απειρία στη διαχείριση ενός… «πλοίου στον ωκεανό», είτε εντέλει από την επακόλουθη έλλειψη «καυσίμων», δηλαδή χρημάτων, η ομάδα προδόθηκε από τις αδυναμίες της.
Έμεινε δυστυχώς να πολεμάει μόνη της με τα… «αρπακτικά» και τις δολοπλοκίες της κατηγορίας, ο κόσμος της απογοητεύτηκε και έτσι, μη μπορώντας να ανταπεξέλθει αγωνιστικά αλλά και εξωαγωνιστικά, δεν μπόρεσε να σταθεί στην επαγγελματική κατηγορία, αν και πραγματοποίησε ένα πολύ ελπιδοφόρο πρώτο γύρο πρωταθλήματος.
Το όνειρο έσβησε γρήγορα αλλά σημασία έχει ότι, έστω και για μία χρονιά, ο Σύλλογος το έζησε…